Me ha ocurrido con frecuencia cuando se realizan copias de datos entre particiones ntfs o vfat que usando rsync, obtengo mensajes como el siguiente, y el archivo cuyo nombre contiene caracteres especiales no se copia.
rsync: recv_generator: failed to stat "<filename>" : Invalid or incomplete multibyte or wide character (84).
Buscando, encontré que es por la codificación de caracteres usada en ntfs por defecto, en estos casos la solución es usar los siguientes parámetro al montar la partición ntfs o vfat
mount /dev/hda1 /media/hda1 -t ntfs -o iocharset=utf8
Al montar las dos particiones con estas mismas opciones ya no sale ningún mensaje de error y todos los archivos son copiados, incluso aquellos con caracteres especiales en el nombre.